Jagiellońskie Centrum Rozwoju Leków - Interdyscyplinarny akademicki ośrodek badania i rozwoju leków, w którego laboratoriach prowadzone są badania dotyczące roli śródbłonka naczyniowego w rozwoju chorób cywilizacyjnych, znaczenia śródbłonkowych mechanizmów farmakoterapeutycznych, działania nowych związków i leków na śródbłonek.

Małopolskie Centrum Biotechnologii - oferuje prowadzenie badań w następujących pracowniach:

1. Zwierzętarnia zakaźna, która składa się z trzech laboratoriów: pracowni hodowli zwierząt, sali zabiegowej oraz laboratorium badawczego.
2. Centrum Genomiki, w którym obecnie przeprowadzane są eksperymenty wysokoprzepustowego sekwencjonowania DNA z wykorzystaniem dwóch platform Ion Torrent (PGM i Proton) oraz sekwensera MinION firmy Oxford Nanopore Technologies. Ta nowocześnie wyposażona jednostka, w której pracują doświadczeni technicy i naukowcy zajmujący się badaniami zmienności genomu, oferuje swoje usługi w zakresie sekwencjonowania nowej generacji i elektroforezy kapilarnej wszystkim zainteresowanym naukowcom i instytucjom.
3. Protein Crystallization Core Facility zapewnia najnowocześniejszą infrastrukturę biologii strukturalnej dla naukowców. Małopolskie Centrum Biotechnologii stworzyło platformę krystalizacji białek, aby pomóc biologom strukturalnym i innym zainteresowanym naukowcom w postępach w pracach nad charakterystyką strukturalną interesujących ich białek.
4. Pracownia Proteomiki i Spektrometrii Mas świadczy usługi proteomiczne naukowcom, które obejmują wyznaczanie masy cząsteczkowej peptydów i białek, wykrywanie modyfikacji potranslacyjnych oraz identyfikację białek w proteomie. Ośrodek jest wyposażony w dwa spektrometry mas, które są używane w zależności od wymagań próbki. Są to: Q-Exactive oraz micrOTOF-Q II (Bruker Daltonics). 
5. Bank Komórek  - wykwalifikowana kadra zajmuje się realizację projektów związanych z wykorzystaniem komórek skóry w leczeniu oparzeń, ran przewlekłych i patologicznych zmian skórnych. Obecnie, jako jeden z nielicznych Banków Komórkowych w Polsce, posiada niezbędne uprawnienia do produkcji kilku produktów HE – ATMP.
6. Laboratorium Biologii Strukturalnej zapewnia najnowocześniejszą infrastrukturę biologii strukturalnej dla naukowców pracujących w Małopolskim Centrum Biotechnologii, jak również dla partnerów współpracujących lub naukowców spoza MCB (zarówno ze środowiska akademickiego jak i przemysłu).

Narodowe Centrum Promieniowania Synchrotronowego SOLARIS - Centrum naukowe, które zapewnia otwarty dostęp do infrastruktury badawczej, aby umożliwić prowadzenie badań z wykorzystaniem unikalnych metod doświadczalnych bazujących na właściwościach promieniowania synchrotronowego. Infrastruktura Centrum służy badaniom podstawowym i materiałowym między innymi w obszarach: kataliza, inżynieria biomedyczna, nanomateriały, farmakologia czy geologia.

Collegium Medicum - Wydział Lekarski, Wydział Farmaceutyczny, Wydział Nauk o Zdrowiu oraz Jagiellońskie Centrum Rozwoju Leków (JCET) utworzyły Priorytetowy Obszar Badawczy (POB) zatytułowany „Jakość badań dla jakości życia” (ang. Better research for better quality of life, qLife) w ramach Programu Inicjatywa Doskonałości Uczelnia Badawcza realizowanego na Uniwersytecie Jagiellońskim. Dzięki funduszom z programu zakupiono sprzęt do badań.

Ośrodek Genomiki Medycznej OMICRON​ - realizuje projekty naukowe bazujące na technologiach wysokoprzepustowych w obszarach genomiki, transkryptomiki i proteomiki.