Do kluczowych zadań Komisji ds. kadry naukowej należy:

1. wypracowywanie rekomendacji dotyczących dobrych praktyk w zakresie polityki kadrowej prowadzonej na Uniwersytecie Jagiellońskim, w szczególności dotyczących: 

• zasad rekrutacji i zatrudniania oraz awansowania nauczycieli akademickich w poszczególnych grupach pracowników: dydaktycznych, badawczych oraz badawczo-dydaktycznych, 
• kształtowania ścieżek karier akademickich; 

2. wypracowywanie założeń strategii personalnej w odniesieniu do nauczycieli akademickich oraz działań dotyczących zwiększenia atrakcyjności warunków pracy; 
3. współpraca z Rzecznikiem Praw i Wartości Akademickich oraz z innymi podmiotami w zakresie opracowywania standardów etycznych obowiązujących na Uniwersytecie Jagiellońskim.

Prace Komisji ds. badań naukowych mają na celu:

1. wypracowywanie rozwiązań umożliwiających podnoszenie jakości badań naukowych prowadzonych na Uniwersytecie Jagiellońskim; 
2. stworzenie spójnego ekosystemu badawczego z uwzględnieniem relacji pomiędzy jednostkami organizacyjnymi UJ, radami dyscyplin i szkołami doktorskimi; 
3. przygotowanie Uniwersytetu do oceny działalności naukowej; 
4. wypracowanie strategii udostępniania wyników prac badawczych; 
5. promowanie form aktywności naukowej, w tym w obszarze pozyskiwania projektów.

Komisja ds. własności intelektualnej odpowiada za:

1. tworzenie regulaminów wewnętrznych dotyczących zarządzania własnością intelektualną,  
2. inicjowanie i opiniowanie zmian w Regulaminie zarządzania własnością intelektualną oraz zasad komercjalizacji w Uniwersytecie Jagiellońskim,
3. podejmowanie innych czynności w stosunku do dóbr intelektualnych, które są lub mogą być przedmiotem praw Uniwersytetu, zleconych lub zaakceptowanych przez Rektora Uniwersytetu. 

Regulamin zarządzania własnością intelektualną oraz komercjalizacji w Uniwersytecie Jagiellońskim określa m.in:  

• prawa do dóbr intelektualnych wytworzonych w Uniwersytecie Jagiellońskim, 
• procedurę zgłoszenia wyników działalności naukowej, 
• zasady komercjalizacji i korzystania z dóbr intelektualnych na Uniwersytecie Jagiellońskim,  
• prawa i obowiązki w zakresie ochrony wyników działalności naukowej. 

 
Obsługę administracyjną Komisji zapewnia Centrum Transferu Technologii CITTRU. 
 

Komisja Bioetyczna UJ działa zgodnie z rozporządzeniem Ministra Zdrowia i Opieki Społecznej z dnia 11 maja 1999 r. w sprawie szczegółowych zasad powoływania i finansowania oraz trybu działania komisji bioetycznych oraz Regulaminem Komisji Bioetycznej Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Zadaniem Komisji jest wydawanie opinii odnośnie aspektów etyczno-deontologicznych planowanych badań naukowych w tym m.in. eksperymentów medycznych oraz stosowania nowych metod służących ratowaniu i zachowaniu zdrowia ludzkiego.

Od listopada 2020 r. na Uniwersytecie Jagiellońskim działa Rzecznik Praw i Wartości Akademickich. 
Rzecznik, kierując się zasadami niezależności, bezstronności i poufności,  monitoruje naruszenia praw i wartości akademickich w Uniwersytecie Jagiellońskim, podejmuje działania zapobiegające naruszeniom, a w przypadku ich wystąpienia dąży do polubownego rozwiązania sporów wewnątrz wspólnoty uczelni.   

Biuro Rzeczniczki Praw i Wartości Akademickich
 

Funkcja Koordynatora ds. dostępności utworzona została w Uniwersytecie Jagiellońskim w maju 2021 r. 

Do podstawowych zadań Koordynatora ds. dostępności w należy:

• wsparcie osób ze szczególnymi potrzebami w dostępie do informacji, edukacji, realizacji badań oraz usług świadczonych przez uczelnię, 
• monitorowanie działań na rzecz poprawy i wdrażania standardów zapewnienia dostępności osobom ze szczególnymi potrzebami, 
• inicjowanie zmian przepisów wewnętrznych w celu zapewnienia dostępności  osobom ze szczególnymi potrzebami. 

Zadanie Koordynatora ds. dostępności realizuje dr. hab. Huberta Kaszyńskiego, prof. UJ z Zakładu Socjologii Stosowanej i Pracy Socjalnej.