Uniwersytet Jagielloński uczestniczy w międzynarodowych sieciach współpracy uniwersytetów, zwiększając wpływ działalności naukowej swoich pracowników na rozwój światowej nauki. Naukowcy zatrudnieni na uniwersytecie mają możliwość prowadzenia badań we współpracy z instytucjami naukowymi o wysokiej renomie międzynarodowej. Są również ekspertami współpracującymi z zewnętrznymi partnerami.
Uczelnia ze swej strony zapewnia wsparcie pracownikom naukowym oferując pomoc Centrum Transferu Technologii CITTRU w zakresie komercjalizacji badań naukowych, usług badawczych, wynalazków. Zespoły naukowe UJ realizują usługi badawcze na zlecenie firm, instytucji i jednostek naukowo - badawczych.
The Guild of European Research-Intensive Universities – uniwersytecka sieć współpracy, którą tworzą czołowe europejskie uczelnie. Członków Gildii łączy całkowite oddanie wysokiej jakości badaniom jako źródła wszelkiej wiedzy, zobowiązanie do informowania władz ustawodawczych o najkorzystniejszych sposobach inwestowania w naukę, a także chęć podjęcia współpracy z wszelkiego rodzaju organizacjami kulturalnymi, think-tankami, przemysłem i biznesem. Wartości, które leżą u podstaw Gildii, są ucieleśnieniem idei współpracy jako najdoskonalszej formy dzielenia się dobrymi praktykami i rozwoju każdej instytucji członkowskiej. Poprzez swoje podstawowe działania, Gildia przyczynia się również do zwiększenia autorytetu jej członków w kraju macierzystym.
Sieć ośmiu wiodących europejskich uczelni badawczych zjednoczonych w celu stworzenia związku uniwersytetów Una Europa.
Coimbra Group – sieć uczelni europejskich z siedzibą w Brukseli. W jej skład wchodzą uniwersytety o wysokim międzynarodowym standardzie. Sieć została utworzona w celu utrwalania więzi między najstarszymi uczelniami Europy, dbania o nieustanny rozwój międzyuczelnianej współpracy kulturalnej, socjalnej oraz sportowej, doskonalenie jakości prowadzonych badań oraz poziomu nauczania, dzięki wymianie doświadczeń w tym zakresie, wpływ na politykę europejską w dziedzinie edukacji, promowanie organizacji jako źródła akademickiej doskonałości w Europie.